{"id":1744,"date":"2021-03-10T13:20:49","date_gmt":"2021-03-10T11:20:49","guid":{"rendered":"https:\/\/redfilosofia.es\/laboratorio\/?p=1744"},"modified":"2021-03-10T13:20:51","modified_gmt":"2021-03-10T11:20:51","slug":"cord-19-buscador-semantico-de-informacion-cientifica-para-hacer-frente-a-la-pandemia","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/redfilosofia.es\/laboratorio\/2021\/03\/10\/cord-19-buscador-semantico-de-informacion-cientifica-para-hacer-frente-a-la-pandemia\/","title":{"rendered":"CORD-19: Buscador sem\u00e1ntico de informaci\u00f3n cient\u00edfica para hacer frente a la pandemia"},"content":{"rendered":"\n

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\n\n Shutterstock \/ PopTika<\/a>\n <\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

Francisco-Javier Martinez-Mendez<\/a>, Universidad de Murcia<\/a><\/em> y Rosana L\u00f3pez-Carre\u00f1o<\/a>, Universidad de Murcia<\/a><\/em><\/p>\n\n\n\n

Vivimos una pandemia de origen y alcance sin determinar que requiere de grandes esfuerzos para frenar sus efectos. La coordinaci\u00f3n de cient\u00edficos, pol\u00edticos y ciudadan\u00eda, con el apoyo de muchas empresas tecnol\u00f3gicas, es un hecho singular que afecta positivamente a la investigaci\u00f3n cient\u00edfica en un espacio muy breve de tiempo, generando herramientas de b\u00fasqueda basadas, muchas de ellas, en tecnolog\u00edas sem\u00e1nticas.<\/p>\n\n\n\n

La descripci\u00f3n de la documentaci\u00f3n cient\u00edfica, la normalizaci\u00f3n terminol\u00f3gica v\u00eda tesauros y facetas, la miner\u00eda de datos y el desarrollo de sistemas interoperables han permitido, en un tiempo r\u00e9cord, generar una amplia variedad de fuentes de informaci\u00f3n alrededor del coronavirus (art\u00edculos, casos cl\u00ednicos, datos epidemiol\u00f3gicos, evidencias o patentes). <\/p>\n\n\n\n

La reacci\u00f3n en cadena de editoriales, universidades, centros de investigaci\u00f3n y empresas tecnol\u00f3gicas ha propiciado una diseminaci\u00f3n de la informaci\u00f3n cient\u00edfica sobre la covid-19, paralela al ritmo de contagio del propio virus, que algunos autores califican de \u201crevoluci\u00f3n\u201d<\/a>. <\/p>\n\n\n\n

Buscadores de informaci\u00f3n<\/h2>\n\n\n\n

Revistas biom\u00e9dicas como New England Journal of Medicine<\/a>, Lancet<\/a>, Nature<\/a>, Science<\/a> o British Medical Journal<\/a> han publicado abundante material bibliogr\u00e1fico en abierto. Adem\u00e1s, las editoriales han creado espacios de informaci\u00f3n con b\u00fasquedas predefinidas por los principales t\u00f3picos (Cambridge Core Coronavirus Free Access Collection<\/a>, EBSCO Covid-19<\/a>, Elsevier Coronavirus Research Repository<\/a>, etc.). <\/p>\n\n\n\n

Por otra parte, los repositorios tem\u00e1ticos ofrecen art\u00edculos y \u2018preprints\u2019. Entre ellos podemos encontrar MedRxiv<\/a>, Biorxiv<\/a> o Pubmed. Esta \u00faltima, por ejemplo, ha a\u00f1adido publicaciones relacionadas diariamente desde principios de enero, con un pico de 300 art\u00edculos en un solo d\u00eda. <\/p>\n\n\n\n

Las grandes plataformas bibliogr\u00e1ficas y los buscadores acad\u00e9micos tambi\u00e9n permiten acceder a los documentos mediante b\u00fasquedas predeterminadas, filtros y conjuntos de datos estructurados (Dimensions<\/a>, Kaggle<\/a>, Google Dataset Search<\/a>, Semantic Scholar<\/a>, etc.). Tambi\u00e9n est\u00e1n involucrados el buscador de patentes Lens<\/a> (patentes) y el de casos cl\u00ednicos, Kahun<\/a>. <\/p>\n\n\n\n

Las autoridades sanitarias, universidades, sociedades cient\u00edficas y centros de investigaci\u00f3n han desarrollado servicios informativos: National Institutes of Health<\/a>, Centers for Disease Control and Prevention<\/a>, Organizaci\u00f3n Mundial de la Salud<\/a> y el Centro de Recursos de Coronavirus de la Universidad Johns Hopkins<\/a>, el punto informativo m\u00e1s conocido. <\/p>\n\n\n\n

La emergencia informativa no solo recae en el \u00e1mbito cient\u00edfico, sino tambi\u00e9n en el pol\u00edtico y social. Ello propicia una enorme proliferaci\u00f3n de datos de distinto tipo, estructura, formato y cobertura, saturando su localizaci\u00f3n y gesti\u00f3n. <\/p>\n\n\n\n

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\n Centro de Recursos del Coronavirus de la Universidad Johns Hopkins.\n Johns Hopkins University<\/a>\n <\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

\u00bfCu\u00e1ntos tipos de buscadores existen?<\/h2>\n\n\n\n

Es preciso diferenciar entre ellos. Podemos encontrar los estad\u00edsticos (epidemiol\u00f3gicos), terminol\u00f3gicos (sem\u00e1nticos) y bibliogr\u00e1ficos. Los primeros se nutren de las series estad\u00edsticas aportadas por las administraciones e instituciones sanitarias. Esta informaci\u00f3n no suele disponerse en formatos y estructuras limpias para su reutilizaci\u00f3n. Adem\u00e1s, necesita del desarrollo de herramientas de visualizaci\u00f3n y actualizaci\u00f3n para la toma de decisiones y para su difusi\u00f3n en medios de comunicaci\u00f3n. <\/p>\n\n\n\n

Para ello suelen utilizarse infograf\u00edas y visualizaciones de datos, donde destacan \u2018Information is beautiful<\/a>\u2019 y el mapa de la Universidad Johns Hopkins<\/a>, enlazado a m\u00e1s de 200 000 sitios web y referente de los medios de comunicaci\u00f3n.<\/p>\n\n\n\n

Por su parte, los conjuntos de datos terminol\u00f3gicos son fundamentales en la gesti\u00f3n de informaci\u00f3n. Por ejemplo, hay distintos lenguajes controlados, como MESH<\/a> o DeCS<\/a>, que poseen un valor equiparable a la propia producci\u00f3n cient\u00edfica porque aumentan la precisi\u00f3n al recuperar informaci\u00f3n. <\/p>\n\n\n\n

Al mismo tiempo, los conjuntos de datos bibliogr\u00e1ficos recogen datos estructurados de investigaci\u00f3n y agregan contenido desde otras fuentes. Adem\u00e1s, es la base para el desarrollo de buscadores basados en conceptos y mapas de relaciones.<\/p>\n\n\n\n

Sin embargo, la sobrecarga informativa producida por la vasta producci\u00f3n cient\u00edfica es m\u00e1s un problema que una ayuda si no se dispone de sistemas de recuperaci\u00f3n de informaci\u00f3n adecuados. Los buscadores web convencionales no sirven para cribar la informaci\u00f3n \u00fatil. <\/p>\n\n\n\n

Por ello, ha rebrotado la importancia de la descripci\u00f3n documental en estos conjuntos de datos y se apuesta claramente por la inteligencia artificial (IA) y la miner\u00eda de datos, poni\u00e9ndose a disposici\u00f3n de los investigadores prototipos que no hab\u00edan tenido suficiente audiencia e inter\u00e9s hasta ahora. <\/p>\n\n\n\n

Se precisa un nuevo paradigma para recuperar informaci\u00f3n que filtre entre la inmensa pl\u00e9tora de resultados. El reto es tremendo por el volumen y por trabajar al un\u00edsono con art\u00edculos revisados, \u2018preprints\u2019 y una heterog\u00e9nea colecci\u00f3n de fuentes oficiales. Es un verdadero desaf\u00edo para la recuperaci\u00f3n de informaci\u00f3n y, adem\u00e1s, hay una gran urgencia en disponer de la misma. <\/p>\n\n\n\n

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\n \n\n <\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

CORD-19: Recopilaci\u00f3n de datos sobre SARS-CoV-2<\/h2>\n\n\n\n

Por eso, en respuesta a esta gran cantidad de datos, el Instituto Allen<\/a> y la Oficina de Pol\u00edtica de Ciencia y Tecnolog\u00eda de Estados Unido<\/a>s pusieron en marcha un recurso de libre acceso para la comunidad investigadora, llamado CORD-19<\/a>, que engloba datos de investigaci\u00f3n abierta sobre covid-19. Cuenta con 280 000 art\u00edculos acad\u00e9micos, incluyendo m\u00e1s de 150 000 con texto completo, sobre covid-19, SARS-CoV-2 y coronavirus relacionados. <\/p>\n\n\n\n

Este recurso se puso en marcha el 16 de marzo de 2020 y participaron tambi\u00e9n la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM)<\/a>, la iniciativa Chan Zuckerberg<\/a>, Microsoft Research Asia<\/a> y el contenedor de datos Kaggle<\/a>, coordinado por el Centro de Seguridad y Tecnolog\u00edas Emergentes de la Universidad de Georgetown<\/a>. <\/p>\n\n\n\n

CORD-19 agrega informaci\u00f3n semanalmente desde los repositorios PubMed, MedRxiv<\/a> y OMS. Adem\u00e1s, existe una gran sinergia entre CORD-19 y el buscador sem\u00e1ntico acad\u00e9mico Semantic Scholar<\/a>, por lo que permite la descarga del conjunto de datos. Es, sin duda alguna, el referente informativo para los investigadores durante esta pandemia, ya que Google Scholar no ha llevado a cabo algo parecido. <\/p>\n\n\n\n

El esfuerzo desarrollado por la comunidad cient\u00edfica no tiene precedentes en volumen de su producci\u00f3n y en la velocidad de su transmisi\u00f3n. El volumen de informaci\u00f3n a manejar es ingente, el \u2018big data\u2019 ayuda a los vir\u00f3logos y a otros expertos en el manejo de la informaci\u00f3n estad\u00edstica y en la identificaci\u00f3n de posibles patrones de comportamiento de la pandemia. <\/p>\n\n\n\n

Informaci\u00f3n cient\u00edfica clasificada<\/h2>\n\n\n\n

A partir de CORD-19, hemos identificado m\u00e1s de 40 fuentes (13 conjuntos de datos y 27 buscadores) sobre la pandemia que podemos clasificar en tres categor\u00edas:<\/p>\n\n\n\n

  1. Buscadores convencionales.<\/strong> Similares a los sistemas de b\u00fasqueda de las plataformas bibliogr\u00e1ficas. Estos alinean la respuesta seg\u00fan la relevancia, con filtrado de documentos por fuente (Elsevier<\/a>, biorxiv<\/a>, WHO\/OMS<\/a>, etc.), revista, autor y fecha de publicaci\u00f3n. Tambi\u00e9n localizan informaci\u00f3n por t\u00e9rminos o por frase exacta. <\/li>
  2. \u201cVisualizadores\u201d de la informaci\u00f3n.<\/strong> Adem\u00e1s de la b\u00fasqueda convencional localizan documentos gracias a tesauros, frecuencia de uso, proximidad de t\u00e9rminos en las frases y expresiones regulares. Suelen complementarse con herramientas de visualizaci\u00f3n de las asociaciones entre estos conceptos (genes, productos qu\u00edmicos, f\u00e1rmacos, mutaciones, l\u00edneas celulares, especies y enfermedades). Tambi\u00e9n muestran los resultados mediante nubes de etiquetas.<\/li>
  3. Inteligencia artificial.<\/strong> Son herramientas de \u00faltima generaci\u00f3n que aplican modelos de redes neuronales para mejorar la calidad de la informaci\u00f3n recuperada. Pretenden ayudar a la toma de decisiones basadas en evidencias y en generaci\u00f3n de ideas. Tambi\u00e9n es posible la navegaci\u00f3n por facetas y otros sistemas se apoyan en la idea del \u2018chatbot\u2019. Hay sistemas que aplican el modelado de temas para descubrir ideas subyacentes. Otros sistemas entregan como respuesta informes con asociaciones entre conceptos, filtrado por fuentes, edad de los pacientes, g\u00e9nero, tipo de publicaciones, caracter\u00edsticas del trastorno, tratamientos aplicados y resultados, palabras clave m\u00e1s relacionadas con el concepto, fechas de publicaci\u00f3n y autores m\u00e1s influyentes en el campo de la consulta.<\/li><\/ol>\n\n\n\n

    Es muy significativo, y digno de elogio, el esfuerzo de empresas e instituciones que han desarrollado servicios de consulta y los han puesto a disposici\u00f3n de la comunidad cient\u00edfica. <\/p>\n\n\n\n

    Resulta claro que la lucha contra la pandemia ha disparado el uso de buscadores sem\u00e1nticos por la necesidad de filtrar los resultados de las b\u00fasquedas por tres razones. La primera es la enorme producci\u00f3n cient\u00edfica que puede \u201cinfoxicar\u201d, algo consustancial al tiempo presente. La segunda es la necesidad de recuperar por facetas o conceptos m\u00e1s que por coincidencia de t\u00e9rminos. La \u00faltima es la imposibilidad material de emplear el impacto como referencia para elegir un art\u00edculo. <\/p>\n\n\n\n

    Queda ahora verificar si este avance de la tecnolog\u00eda de b\u00fasqueda sem\u00e1ntica se va a quedar circunscrito a la lucha contra la pandemia o si se va a ampliar a otros sistemas de informaci\u00f3n. Lo l\u00f3gico (y deseable) es que as\u00ed sea.<\/p>\n\n\n\n

    \n\n\n\n

    Una versi\u00f3n m\u00e1s ampliada de este art\u00edculo est\u00e1 accesible en acceso abierto en la Revista Espa\u00f1ola de Documentaci\u00f3n Cient\u00edfica<\/a>, editada por el CSIC.<\/em><\/p>\n\n\n\n

    \n\n\n\n

    Francisco-Javier Martinez-Mendez<\/a>, Profesor Titular de Biblioteconom\u00eda y Documentaci\u00f3n, Universidad de Murcia<\/a><\/em> y Rosana L\u00f3pez-Carre\u00f1o<\/a>, Profesora de Fuentes de Informaci\u00f3n y Documentaci\u00f3n Cient\u00edfica, Universidad de Murcia<\/a><\/em><\/p>\n\n\n\n

    Este art\u00edculo fue publicado originalmente en The Conversation<\/a>. Lea el original<\/a>.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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